Program Studi Sarjana (S1) Pendidikan IPA FMIPA Undiksha dibuka pada tahun 2014 dengan SK pendirian 469/E.E2.2/DT/2014 tanggal 30-5-2014 dan SK izin operasional No.359/E/O/2014 tanggal 27 Agustus 2014. Pada awal dibuka bernama Jurusan Pendidikan IPA. Visi yang dicanangkan saat dibuka adalah “Menjadi Jurusan Pendidikan IPA yang menghasilkan pendidik IPA yang profesional”. Kurikulum yang diterapkan pada awal pembukaan prodi adalah Kurikulum 2014. Pada tahun 2015 dilakukan perubahan struktur organisasi yaitu Program Studi Magister (S2) Pendidikan Sains yang semula berada di bawah Program Pascasarjana Undiksha dipindahkan ke Fakultas MIPA. Oleh karena itu, Program Studi Sarjana (S1) dan Magister (S2) Pendidikan Sains berada di bawah Jurusan Pendidikan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Pada tahun 2016 dilakukan perubahan tata kelola di Undiksha sehingga Jurusan Pendidikan IPA berubah menjadi Program Studi Sarjana (S1) Pendidikan IPA yang berada di bawah Jurusan Fisika dan Pengajaran IPA. Program studi hanya dipimpin oleh seorang Koordinator Program Studi (Korprodi), tidak ada lagi sekretaris program studi, melainkan sekretaris pada tingkat jurusan. Pada tahun 2016 juga dilakukan perubahan kurikulum dan visi program studi. Visi prodi yang direvisi “Menjadi prodi yang unggul dan berdaya saing dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang pendidikan sains berlandaskan filosofi Tri Hita Karana”. Pada tahun 2017, program studi S1 ??Pendidikan IPA terakreditasi dan mendapat peringkat B dengan Sertifikat Akreditasi No. 0229/SK/BAN-PT/Akred/S/I/2017. Pada tahun 2019 kembali dilakukan perubahan kurikulum dan visi program studi. Visi prodi baru ini adalah “Menjadi prodi yang unggul dalam pengembangan iptek di bidang pendidikan sains berlandaskan filosofi Tri Hita Karana di Asia pada tahun 2045”. Pada tahun 2020, dengan adanya kebijakan Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM), prodi melakukan perubahan kurikulum dengan memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk belajar di luar prodi selama 3 semester.